《云水谣》的故事线索多少有些复杂，从香港的时尚女青年孟小芮，到隐居在曼哈顿的古稀老人王碧云，又从王碧云年轻时的爱情到一个男人一生的传奇命运，时间跨度巨大。这一方是源自导演尹力自身强烈的历史感，早在影片《张思德》中，我们就已经能从导演独特的表现方式中感受到导演对历史的自我理解，同样也来自《云水谣》题材本身的深厚的历史积淀。《云水谣》在宏大的历史主题下，把视角对准了风云变幻中几个独特而具有代表意义的人物，希望能够从另一个角度让现在的观众更容易理解几十年前的人物的命运与爱情。在今天与昨天的时光交错之中，影片传达出一种“今天该如何看待昨天”的疑问。在影片一开始，小芮曾经问自己的养母王碧云，“到底是什么把相爱的人隔开？”作为最有发言权的王碧云却直到影片结束没有回答这个问题，这个问题不仅让今天的孟小芮困惑，也让昨天的王碧云、陈秋水和王金娣困惑着。往大了说，是政治的动荡，是纷飞的战火，是命运面前作为个体的无能为力。但是往小了说，相爱的人原本就不会任何事情隔开，就像半个世纪之后，王碧云又从视频里看到了陈昆仑(陈秋水之子)那一张酷似她年轻时恋人的容貌一样，相爱的人，千山万水沧海桑田也隔不开思念。