武器方面，F/A-22配备一门口径M61A2 20毫米机炮；可挂4枚发射后不管AIM-120C中距空空导弹和2枚AIM-9X近距导弹，还可挂HARM“哈姆”高速反辐射导弹，AGM-154联合火力圈外导弹，GBU-32联合直接攻击炸弹，JASSM三军火力圈外隐身巡航攻击导弹，WCMD风修正子母弹，GBU-22“宝石路”III型制导炸弹等。炮口和弹舱门均装有能够快速开启的舱门，轻巧敏捷的弹舱挂架还具有快速伸出并弹射弹药的功能。使得这些开口都得到了保护，提高了隐身性能。